A substituição tributária serve para realizar a arrecadação dos impostos estabelecidos pelo governo. A responsabilidade referente ao pagamento do imposto é passada para o cliente da farmácia, que é encarregada de fazer esse recolhimento para entregar ao governo.

O uso desse método e feito principalmente pela cobrança do ICMS. A substituição tributária varia de acordo com cada produto, além dos impostos cobrados que mudam conforme o Estado.

Esse recurso serve para facilitar os demais tributos que ocorrem dentro de determinada circulação de uma mercadoria ou serviços específicos. Na substituição tributária, o imposto plurifásico é recolhido de uma vez, como se fosse monofásico.

Levando em consideração a possibilidade de a substituição tributária ter um fim em 2020, isso ocasionaria a diminuição burocrática que há no setor farmacêutico em relação a tributação. Com o intuito de facilitar e simplificar os processos internos das farmácias.